天地開闢において神世七代の最後に伊邪那美命とともに生まれた。そして高天原の神々に命ぜられ、海に漂っていた脂のような国土を固めるべく、天浮橋から天沼矛で海をかき回し、出来上がった淤能碁呂島にて伊邪那美命と結婚した。結婚は、女神が先に誘いの言葉を発ししたため一度は失敗しており、それを改めることにより成功した。国産み・神産みにおいて伊邪那美命の間に日本国土を形づくる多数の子を儲ける。その中には淡路島をはじめ大八洲（本州・四国・九州等）の島々、石・木・海・水・風・山・野・火など森羅万象の神が含まれる。しかし、火神である火之夜芸速男神を生んだ際に伊邪那美命は大火傷を負い、黄泉国へと旅立ってしまう。伊邪那岐命は悲しみに暮れ、黄泉国へ妻を追うが、そこで見た妻の変わり果てた姿に驚き、逃げ帰る。この黄泉からの帰還の際に、伊邪那岐命は禊を行い、左目を洗うと天照大御神が生まれ、右目を洗うと月読命が生まれ、鼻を洗うと須佐之男命が生まれた。これら三貴子は高天原の天津神として日本神話の中心を成す